NSS要员金贤俊死亡后，因参与IRIS的间谍活动而被捕的前NSS局长白山被监禁在孤立的岛屿上。由张赫所饰演的郑有健原是一名警察，因参与一项剿匪活动立功，被NSS相中，继而成为NSS要员。在训练了一年后，有健成为了训练教官，负责训练池秀妍(李多海饰)、徐贤宇(尹斗俊饰)等其他要员。
另一边厢，柳中元(李凡秀饰)原是北韩特务，如今生活于柬埔寨。金妍华(林秀香饰)是IRIS要员，力邀柳中元帮她，一起合作完成一个任务。柳中元起初不为所动，最后勉强答应了。NSS，郑有健如今的职务为TF-A队长。NSS新来的副局长崔敏(吴妍秀饰)，外表精明能干。
IRIS要员RAY与其手下霸占了一架NSS的直升机，降落在囚困白山的荒岛上，并成功的把白山了出来。但是白山却在半空中选择跳海离开IRIS。NSS接到通知指白山被劫走了后，立即派TF-A队到该荒岛去救援。白山跳海离开直升机后上了岸，劫持秀妍威胁有健不得伤害他的人身安全。
有健当机立断让狙击手贤宇除掉白山，但是却打中了秀妍的肩膀。NSS最终把白山抓回了NSS总部，并拷问他。NSS决定由TF-A队把白山移去郊区的基地KC。白山要求NSS每天都提供报纸。由RAY带领的IRIS要员包括了妍华闯进了基地KC。朴室长和有健护送白山的离去。最后，因为朴室长的牺牲而得以保全有健和白山的性命。
韩剧反恐任务第2集剧情介绍秀妍在医院疗伤，崔敏去探望她，让她好好休息。有健劝秀妍退出NSS，秀妍认为自己负荷得来。秀妍归队NSS。崔敏和郑有健开始对NSS内部存有奸细产生怀疑。秀妍开导因失误打中秀妍而内疚不已的贤宇，最终贤宇得以原谅自己。白山要求见有健。因有健拼死救了白山的性命，白山决定透露IRIS的情报当作报答有健的救命之恩。
即将在匈牙利举行的南北韩高层会谈将会发生大事，即IRIS将发动攻击，但不知目标是南韩、北韩，或两者皆是，让有健留意。匈牙利，几乎全NSS倾巢而出，为了保护南韩代表团。另一方面，妍华和中元也都抵达匈牙利。贤宇在街道上闲逛时发现了RAY的踪影，于是贤宇跟踪他。
韩剧反恐任务第3集剧情介绍贤宇、有健和秀妍趁空档到镇上咖啡店喝咖啡。贤宇先行离去，无意间发现RAY的踪影，便跟踪他，最后却意外跟丢了。有健和秀妍则到处溜达。晚上回到酒店时，贤宇向有健表达了自己看到RAY的担忧。南北韩正式会谈终于开始了。另一方面，南北韩共同举办了晚宴，崔敏盛装打扮。金妍华除掉了服务员MEI，并以MEI的身份混入晚宴会场。妍华在会场上故意泼了些酒在北韩代表权衡泰身上，并以此为借口，帮权衡泰清洗衬衫后，亲自送到他的房间。
贤宇骇进酒店服务员名单，发现名单上的MEI和在会场上的MEI不是同一人。权衡泰的警卫官朴哲荣接到消息指MEI在权衡泰房间里时，认为不妥，并赶到权衡泰的房间。然而当他抵达时，权衡泰已被妍华掐死了。朴哲荣下令无条件得抓到妍华。权衡泰房间里发生的枪战惊动了NSS，有健追捕妍华。妍华逃脱后，驾车离开酒店，却被当地警察追捕，好不容易摆脱那些警察后，却又被另一些警察缠上，最终被警察包围到一条桥上。妍华看似要投降，其实是在等待柳中元的救援。柳中元驾驶一条船，刚好接到从桥上一跃而下的妍华，两人成功逃脱。两人上岸后躲到一栋建筑物内，在后紧追不舍的有健和秀妍也追到此地。一番恶斗后，秀妍抓到了妍华。
有健把妍华交给朴哲荣让他处理。中元试图营救妍华不果。有健突然想起白山的话"目标可能是南韩、北韩、或两者皆是"，意识到南韩代表赵明浩可能也身处险境，立即赶回去保护赵明浩。不料，IRIS果真对赵明浩发动攻击。混乱中，秀妍与赵明浩均中弹。秀妍不死心，拿起身边的长枪对敌人开枪，打中了敌人的眼睛。
韩剧反恐任务第4集剧情介绍在与IRIS的枪战中，赵明浩代表受伤。有健及时出手救下秀妍。青瓦台内总统与崔敏三人开会，提及白山事前的警告，NSS局长在此时建议将NSS的技能融入国情局。有健与白山会面，两人达成交易。在有健将离开时白山提醒小心Ray。崔敏告诉有健因为匈牙利事件，局长或许会选择有健进行处罚。
妍华在北边遭受酷刑。柳钟元回到柬埔寨。秀妍思及匈牙利枪战一幕内心难安，崔敏用亲身经历安慰。有健遭停职带秀妍去海边散心。贤宇被派至柬埔寨要求带回柳钟元，一番周折后贤宇将柳钟元抓获关在酒店内，却在第二日大意被柳钟元逃脱，还丢失了电脑硬盘，逃脱后的柳钟元又遇朴哲荣被带回北韩。崔敏欲与白山联手遭拒，白山忆起过往，博士对贤俊表达了对崔敏的看法，觉得她身上有原来白山的影子。有健将戒指放入套娃中交给秀妍，开心的秀妍不曾打开放置家中便随有健出游。
两人在海边快乐散心，夜晚酒店内两人关系更进一步。两人回到有健的老家探望有健妈妈和鹤京大叔，有健在探望鹤京的路上遇见了Ray，又是一番遭遇战，鹤京大叔被杀害，有健找到一本日记，意外发现鹤京大叔写下的关于白山的话。疑女秘书是NSS内部奸细。柳钟元被带到遭受拷打的妍华面前，苦劝执迷不悟的妍华。有健母子将鹤京大叔的骨灰放置骨灰龛，有健复职。秀妍感觉持枪的右手出了问题。有健以找出内鬼的理由得到了崔敏的保安密码借此查看了白山的档案，却在查看中与另一人不期而遇，他遇见的会是谁呢?
韩剧反恐任务第5集剧情介绍柳建在主服务器室里遇到了局长的秘书李秀珍室长，柳建以替副局长办事为由才进入服务器室，李秀珍室长说为局长办事。贤宇发现秀妍的右手连笔都拿不好了。柳建跟白山见面问询他在NSS里和IRIS接触的过程，白山说在那个过程中失去了最爱的女人，很奇怪跟别人不会说的话都能跟柳建说，但是柳建却觉得是白山杀害了自己的父亲柳尚俊，白山回忆起来以前在做任务是无意遇到的女孩成为了恋人。柳建和崔敏商量准备用白山作为诱饵引IRIS上钩，他们俩瞒过所有人，连局长也不告诉。
柳建向白山打听河在龙，白山却早就知道那个人已经死了，柳建说如果自己早点到也许会阻止他的死亡，但是白山说只要成为IRIS消除的对象，他的人生就已经结束了。李秀珍室长偷了局长的钱夹复制出了局长的工作证件。妍华想要硬拼出去，却被钟元给劝下。NSS派了两个专员尹时赫和宋钟斌保护赵明浩，崔敏不仅不阻拦赵明浩的意愿，还支持赵明浩的选择。崔敏向柳建讲述了自己为什么一定要追查IRIS的原因，原来是自己最爱的人都是因为IRIS而离开自己的。
妍华向钟元讲述了自己的家人如何离世的，所以自己才想要脱北加入IRIS而报仇的。贤宇帮助秀妍射击，秀妍终于成功克制住了手抖射击成功了，两人高兴地抱在一起。开始转移白山的行动，为了诱惑IRIS，真正的白山被掉包，NSS分成两路运输假的白山来引出IRIS，但是却被李秀珍室长用复制的局长证件潜入到主服务器室追踪到了柳建的位置。在与IRIS的正面枪战中，柳建脑中枪，而尸体却被IRIS的头目RAY带走。钟元告诉朴哲荣誉IRIS练习是要在各种报纸上面找寻暗号的，刘哲荣方面也收到了柳建失踪的消息。秀妍一直失魂的站在柳建消失的地方，崔敏来到现场，察觉秀妍的不对劲，询问贤宇秀妍和柳建不仅仅是同事的关系?贤宇承认。A组觉得肯定是内部有内鬼才找到了柳建他们的正确位置，在找寻内鬼的同事一直在追查带走柳建的车辆。一方面在逃亡的飞机上RAY正在命人全力抢救柳建……
韩剧反恐任务第6集剧情介绍A组查到在作战期间追查过柳建的人是局长，决定先报告给副局长。尸检采集了现场的遗留物品判定柳建当场已经死亡。秀妍到柳建家发现了留言正在查白山和父亲的事情，觉得肯定有自己不知道的事情。尹时赫和宋钟斌到酒吧查到了局长和李秀珍室长当天在一起的视频，A组发现是李秀珍复制了局长的证件。
决定先逮捕李秀珍。RAY已经命李秀珍删除电脑已经电话信息，李秀珍跟RAY打听了柳建已经死亡的消息，NSS抓获了李秀珍，但是李秀珍却什么都不说，秀妍来到审问时问李秀珍柳建的情况，而且气急的用枪打了李秀珍的腿，李秀珍告诉秀妍郑柳建已经死了。妍华决定帮助北边在报纸上刊登暗号，等待IRIS的回复。秀妍去见白山，白山说柳建肯定还活着，IRIS既然带走了柳建就肯定会让他活着。崔敏因为此次事件抓住了局长的把柄，使得局长不得不和自己一伙，崔敏决定NSS要正面面对IRIS，并且命池秀妍代替柳建成为A组队长。白山告诉崔敏IRIS要找到他的理由是因为他知道首尔周边藏起来的五个核武器的地点。白山想起了自己年轻的时候因为自己心爱的女人和孩子离世，从此自己改了名字成为了白山开始新生活。
但是白山却不知道原来自己的女人和孩子都活着，但是却以为他死了，孩子也随了母亲的姓，原来白山就是郑柳建死去的父亲柳尚俊。秀妍决定搬到柳建家去住。9个月后，秀妍不顾自己的安全拼命的执行任务，大家都觉得秀妍现在像个怪物一样在工作。秀妍自己在喝酒，贤宇来陪秀妍，两人聊起了柳建，贤宇问他柳建最后跟他通话的时候没有说什么特别的话吗?秀妍想起来柳建让她打开套娃的话，回到家后打开套娃看到戒指和柳建写着我爱你的字条，泪流满面。在日本秋天，柳建原来被IRIS抢救过来成为了帮助IRIS做事的人，柳建失去了所有的记忆，生活在一户人家里过的很愉快。但是杀完人柳建老是做恶梦。RAY来日本找柳建一起喝酒聊天。IRIS终于给妍华回信。秀妍在柳建妈妈家发现了河在龙留下的日记本。
韩剧反恐任务第7集剧情介绍秀妍看到日记本里的内容，带着笔记本先行离开。因为和RAY聊天的时候显示出烦躁的柳建，RAY怕他有恢复记忆的倾向，等他睡着派人对他进行了脑部检查，发现无任何变化。秀妍仔细阅读了日记本的内容，开始要寻找柳建没有找到的白山杀害柳尚俊的证据。贤宇为了让秀妍缓解心情，带秀妍来到游乐园玩，两人玩的很开心，秀妍也难得的明朗的吃着饭，贤宇跟秀妍说没有鱼能不能用虾来替，我身边的位置可以为你留着，秀妍谢谢贤宇为她费心，说没有这么帅的虾，两人愉快的吃着饭。
NSS发现北边朴哲荣和刘钟元和妍华出境前往日，贤宇决定找到他们的行踪到日本追击。在日本作为IRIS手下的柳建以Ken的身份生活着，Ray派人刺激柳建的身手，使得他恢复到以前的身手，完成接下来的任务。NSS觉得朴哲荣就是刘钟元和妍华的幕后指使，贤宇、秀妍和时赫一起来到日本追查，妍华和IRIS约好明日见面，但是Ken已经埋伏在了朴哲荣的房间里，朴哲荣认出了柳建，与他对话，Ray却让柳建杀了朴哲荣，朴哲荣叫着柳建的名字，使得柳建心绪混乱，无法开枪，哲荣趁机跳进了海里。Ken问Ray郑柳建是谁，Ray骗柳建说敌人只是用这招来干扰你。Ray的手下迷昏了所有人，带出了妍华，在酒店门口，柳建开车接Ray把妍华带上，结果与开车来酒店的秀妍和贤宇擦车而过。
贤宇秀妍和时赫在酒店准备接近朴哲荣等人，却在走廊碰到昏迷醒来的钟元和北边要员，贤宇追击钟元，秀妍追击另外一个人，时赫准备追朴哲荣但是发现房间已经空了，就跑出来帮助贤宇，但是两人却不敌钟元，被钟元逃跑，秀妍也没有追上北边要员。NSS在日方提供的监控录像里发现了妍华是被一个人带走，朴哲荣是被一个男人用枪抵着出了酒店，秀妍看着监控录像上男子的背影，猜想着这男人到底是谁，回程的路上秀妍一直看着这段视频。秀妍让日本方面查找当天是否有单身男子登记入住。李秀珍向秀妍透露IRIS在日本的安全屋。秀妍找到白山想要从白山空中知道些关于柳尚俊的信息，白山有些动摇但是却还是绝口不提。日本方面反馈了当日有个叫Ken的单身男子入住了朴哲荣对面的房间。秀妍一直拿那个男子的背影和柳建对比对，秀妍决定再亲自去一趟日本。柳建总是对朴哲荣的话想象，Ray告诉他不要被敌人的话动摇，马上会开始新的任务。朴哲荣受伤回到避难地，钟元已经在那里，哲荣告诉钟元看到了不记得他的郑柳建，他也是帮助IRIS做事的人。
韩剧反恐任务第8集剧情介绍哲荣决定先联系共和国然后找到妍华，但是钟元却举枪杀了哲荣，并且取走了哲荣的徽章。钟元载着北边要员，北边要员给钟元听取哲荣中枪前的通话内容，钟元装着根本没遇到过哲荣，在北边要员面前演戏，北边要员却给了钟元是哲荣让出事的时候给钟元的皇家银行个人金库的钥匙。柳建总是能想起过去的片段，能看到女人回头看他，却看不清那女人的脸，他再次踏上了执行任务的道路。钟元在澳门开启了金库，里面有很多钱、各种护照、手机、枪支以及一个芯片。
IRIS收拾东西准备离开，Ray交代不许让Ken知道任务的最终目标。Ken再次向Ray确定听到的信息，Ray依然骗柳建说以前他在NSS做过双重间谍，身份败露，救他的时候受了枪伤，失去了记忆。秀妍到达日本开始听贤宇在总控室里的指挥查找IRIS的安全屋，秀妍达到的时候刚好IRIS的车辆离开，秀妍在他们车上安装了追踪器，秀妍在空屋里查看的时候碰到一个IRIS的人，把他制服之后他却吞药自刎了。Ray发现车上的追踪器扔掉了。秀妍到酒店查找Ken，服务台小姐认出秀妍拿着的照片是一个旅馆的长住客人，秀妍找到旅馆跟女主人打听，但是女主人看到柳建的照片却说是第一次见这个人，女主人也是帮IRIS做事的人。钟元功成再次回到北边，被授予重要职位和任务。
秀妍向白山说在日本发现一个叫Ken的男人的信息，问白山知道吗，白山判定赵明浩会有危险，秀妍说自己觉得Ken就是柳建，白山告诉她有时候相信本能可能会好一些。NSS开始24小时保护要会谈的赵明浩，贤宇和秀妍一起去寻看现场，贤宇给秀妍买了礼物想要送给她，却发现秀妍有戒指戴在手上，问她什么时候开始戴戒指的，秀妍说是柳建送给她的，但是却没给送礼物的人看过戴着的样子，人不在身边了才知道他的可贵，贤宇听了没有把礼物送给秀妍。贤宇把礼物打包挂在了秀妍的车上，留言让秀妍加油。秀妍和贤宇一起出去办事，秀妍吃着贤宇送的吃的，车上挂着贤宇送的项链，贤宇看到了很高兴。崔敏要求白山告诉自己核武器的地点，白山却要求要个崔敏两人单独前往。Ray带着IRIS巡查准备作战，但是却一直不告诉Ken他要做什么，Ken觉得自己不知道为什么在这，Ray告诉他有单独的任务给他，就是让他杀死北边的代表。
秀妍一直在确认现场的一切，很疲惫，贤宇看了很心疼，问她几日没睡了，劝她不要老是自己做，也信任下大家，秀妍终于沐浴休息。钟元代表北边执行此次大会的任务，他像上级要求给他更高的特权……
韩剧反恐任务第9集剧情介绍会谈日到来，贤宇和秀妍看到北边的护卫总负责人是刘中元很惊讶，崔敏说自己也是北边来之前才被通知换人的。崔敏和刘中元单独见面，希望给权永春的警卫和NSS要员一起安排，刘中元拒绝了崔敏的要求。Ray送Ken到任务场所，告诉他之前都是练习，这次的任务才是我们想要的。
刘中元为了引出NSS窃听他，上演了一出部下袭击他的戏码，刘中元威胁崔敏以后不要窃听和调查他，并且与他共享情报。权永春聚集北边代表团成员一起喝酒，中途却自己离开，被刘中元护送交给Ken带走。北边代表团全员被毒气致死，权永春代表失踪，刘中元以此说是南边对北边的恐怖活动，给NSS24小时查出犯人。权永春被IRIS安全带出，准备与IRIS东亚负责人Mr.Black见面。白山告诉秀妍北边代表团消失的人就是这次恐怖事件的幕后指使者，IRIS作战组将会向日本移动。
秀妍独自先行前往釜山，与贤宇联系请求NSS的支援。Ray告诉Ken射伤他脑袋的人叫池秀妍，以后见到她就射杀她。Ray告诉妍华Mr.Black当初救柳健的原因是因为柳健是白山的儿子，以后带回白山的时候柳健有利用价值。秀妍到达釜山的时候看到IRIS准备撤退，贤宇带队正赶过来，秀妍等不及先行动，秀妍看到理惠赶过来，用枪逼着她后退，却意外与柳健举枪重逢，秀妍含着眼泪叫了声“哥哥”后缓缓放下了手中的枪。
韩剧反恐任务第10集剧情介绍失去记忆的柳健没有认出秀妍，见到柳健的秀妍一直喊着“哥哥，我是秀妍”，听到秀妍的名字柳健冲秀妍开了枪，秀妍在惊讶中倒下……Ray要对准秀妍的头开枪的时候柳健虽然失忆，但还是因某种感觉而阻止了Ray。NSS赶到的时候IRIS已经坐船离开。崔敏为了阻止导弹发射引发的全面战争，跟刘中元谎称已经掌握了白山知道的五个核武器的信息。秀妍在医院养伤，贤宇问秀妍那个叫Ken的IRIS的人是不是郑组长，秀妍说他认不出我来，贤宇说那也改变不了他冲你开枪的事实。
刘中元被送到NSS的安全屋，刘中元躲过窃听与手下联系权永春与Mr.Black的见面情况，Mr.Black答应权永春可以让他成为朝鲜的新领袖。Ken回到日本，想起秀妍拉着自己叫哥哥的情景，突然恢复了所有记忆，柳健痛哭流涕，IRIS通过测试发现柳健已经恢复了记忆，Ray命理惠除掉柳健，转移安全屋。刘中元给崔敏听哲荣死之前的录音，证明是柳健杀了哲荣。柳健醒来看到身边的子弹头，和毁损的物品，发现屋子里干净无物，IRIS全员已经撤离。理惠冒死回来告诉柳健真相，让他赶快逃跑，Ray带队在暴雪的山林中把柳健追回，理惠见到被追回的柳健很伤心，Ray当着柳健的面杀了理惠，又用枪指着柳健的头……
韩剧反恐任务第11集剧情介绍Ray最终没有对柳健开枪，而是把他关起来，柳健看着死去的理惠痛苦的叫喊。NSS内部对于柳健变成IRIS的一员相当震惊，只有秀妍坚持认为柳健不是那样的人，只是因为脑伤失忆被人操控了。然而，柳健凄惨模样的影像从IRIS传送到了NSS，IRIS要求NSS用白山来交换柳健。NSS需要马上对这一交换要求作出回应，但内部意见不一。
崔敏询问刘中元的意见，却被刘中元贩将一军，知道崔敏说拥有白山的情报是谎话。秀妍找到知道柳尚俊情况的魏尚哲的地址，见到魏尚哲本人，知道了白山和柳尚俊竟然是一个人，而柳健就是白山的儿子，感到很震惊。崔敏问白山交换人质的意愿，白山不同意，崔敏说尽快安排白山和自己单独出去查看核武器。刘中元派朴泰熙潜入NSS主服务器窃取机密文件，被NSS发现反击成功。秀妍把柳健是白山儿子的事实告诉了白山，白山决定同意这次的交换行动。
记忆恢复的柳健由妍华负责看守，但妍华却从柳健处听说当初到匈牙利Ray早就想杀妍华灭口。当天晚上，妍华和Ray喝酒，妍华想要杀死Ray，却被其他人发现追杀妍华，妍华拼命逃跑。终于到了交换人质的日子，NSS听从白山的计划做好了一切准备……
韩剧反恐任务第12集剧情介绍白山在交换人质的时候跳海逃跑，却没有按和NSS说好的计划回来，柳健回到NSS车上抢了要员的枪射击Ray，Ray受伤倒下。柳健回到NSS之后，被带到审讯室，柳健说了自己关于IRIS的了解。研究所给出柳健的报告，说因为头部受伤弹壳碎片的压迫柳健可能成为别的人格，也可能引起暴力性。崔敏向总统请求赦免柳健，赦免后会解雇他。
白山首先找到魏尚哲问询柳健妈妈的情况。秀妍和柳健终于在审讯室见面，两人都泪流满面，秀妍感谢柳健能回来，柳健一直跟秀妍道歉。NSS在交换白山之前就在白山身体里安装了追踪位置的液体。局长派贤宇监视柳健的日常生活。白山找到柳健妈，两人见面后激动的拥抱在一起。柳健告诉崔敏是刘中元和IRIS合作转移了权永春代表。
刘中元被北边下令押送回国，刘中元只好趁NSS未到赶快离开。NSS全力追查刘中元和白山的下落。NSS在柳健家安了监视设备，被柳健发现，柳健愤怒的离开家质问贤宇，贤宇说无法原谅他向秀妍开枪的事实。妍华逃出找到刘中元，刘中元很想拉拢妍华跟自己一起谋事，但妍华还是有所怀疑。魏尚哲被杀。刘中元见到权永春，请求权永春帮助他和IRIS联手。
韩剧反恐任务第13集剧情介绍中元告诉妍华Ray在白山和郑柳健的交换中死了，妍华告诉中元原以为是自己杀死了他的，中元以为他们俩是恋人关系，妍华说是为了利用装作喜欢而已。崔敏想要柳健私下非官方的帮助她查找白山和刘中元的下落，并给了他必要的东西。NSS要员在查找朴泰熙的时候被她发现逃开了。柳健给妈妈打电话，妈妈听到他平安归来开心的哭了，柳健说自己处理完事情就回去见她，妈妈说也有很多话跟他说。柳健逃过监视去找魏尚哲，但是却看到魏尚哲的尸体。时赫到达魏尚哲家发现魏尚哲已死。
刘中元打听到了白山的下落，准备前往，同一时间柳健打妈妈家的电话无人接听，担心之下前去找寻，却意外见到白山和妈妈在一起，妈妈告知柳健白山就是他的父亲柳尚俊，柳健听到之后十分震惊，白山刚要去握柳健的手，却响起了枪声，刘中元赶到想要射击白山，却意外杀死了柳健的妈妈郑智瑛。刘中元逃跑后，柳健回到抱着妈妈的身体的白山旁，妈妈拜托他原谅爸爸，就离开了人世。因为白山体内有NSS偷偷注射的可以追踪位置的药液，崔敏让时赫按照位置追踪去找寻白山，但是白山感到疼痛后，自己取出了追踪器遗弃，使得追踪信号消失。柳健妈的葬礼上，秀妍告诉崔敏白山是柳健的父亲，崔敏不知道如何安慰柳健，柳健说一定会亲自杀了刘中元。
秀妍看着因为妈妈去世痛苦的柳健，到教堂去找哥哥聊天，说感觉自己爱的人正一个个离开自己。时赫查出魏尚哲家只有柳健留下的指纹，想要逮捕他，但是他却逃跑了，崔敏也没有下令继续追捕他。Ray醒来，崔敏想要从他嘴里知道Mr.Black的消息，但是无论用什么酷刑他都不说。Mr.Black让刘中元去解救Ray，刘中元劝妍华不要意气用事，想要报仇得有计划。Ray要求局长帮他和李秀珍一起到瑞士去，就让他和Mr.Black接触，NSS决定同意Ray的提议。
韩剧反恐任务第14集剧情介绍秀妍告诉崔敏她哥哥在那个教堂做神父，这个是Ray和李秀珍早就做好的计划。这时刘中元给NSS发来视频电话，要求用教堂的神父和人质与Ray和李秀珍交换。柳健偷偷潜入了教堂，一个个消灭着刘中元的手下。NSS在教堂交还了Ray和李秀珍，刘中元利用让NSS准备他们逃离的车辆的间隙，扔下Ray和李秀珍，带着自己的手下们从秘密通道逃跑。因为有人质逃跑Ray开枪杀了他，秀妍返回教堂，Ray拿枪逼着秀妍的哥哥，这时柳健拿枪逼着李秀珍出来，但是Ray却先射杀了李秀珍，又枪杀了秀妍的哥哥后逃跑。
柳健根据崔敏提供给他的追踪路线，找到了Ray，在两人的正面对决中，柳健最终杀死了Ray。秀妍因为哥哥的离世很痛苦，爸爸告诉她不要埋怨柳健，因为作为人质的情况是无法控制的。Mr.Black知道Ray已死，给刘中元打电话说以后他就负责Ray的职务了。白山告诉了崔敏曾约定的关于核武器的情报，崔敏带队前往探测，找到了四个核武器，白山说自己会留着最后一个核武器作为筹码。柳健根据查找朴泰熙的位置，去找刘中元……
韩剧反恐任务第15集剧情介绍柳健追踪朴泰熙的位置找到住所，但找到的地址却不是刘中元的住所。妍华杀了朴永春代表，正好被回来的朴泰熙看到这一场景，两人因此相互厮杀打斗起来。中元喝停他们，知道妍华杀了朴永春气愤地赶走了妍华。朴泰熙去打包外卖，却不知咖啡店经理报告给了NSS，柳健跟踪朴泰熙查到他们的住所，向崔敏寻求支援。中元收到信息被告知藏身之所已被暴露，迅速撤离，却在停车场被截住，只好分散走。贤宇快要抓住朴泰熙，却被朴泰熙刺伤，时赫眼看到却没有去追朴泰熙。
柳健杀死了中元的手下基成，两人愤怒的对打起来，但是柳健的头突然痛起来，原因是脑部残留的子弹的作用，柳健被刘中元打倒，刘中元想到误杀了柳健的母亲放过了柳健，和朴泰熙一起逃走了。中元与Mr. Black的谈话被朴泰熙听到，心为震惊怀疑中元会出卖原来的目标。妍华回到中元的住所，不知柳健就在住所等着，被柳健带走。柳健告诉崔敏有人通知刘中元他们要去抓他怀疑NSS有内鬼，不能把妍华带回NSS。柳健把妍华关在密室里，为了让妍华开口开始折磨她。
崔敏带秀妍去看核武器，并让秀妍调查贤宇和时赫谁是间谍。柳健告诉妍华自己要杀中元的原因是为死去的母亲报仇。尹时赫去见了刘中元，将情报给他，被宋英民用手机追踪到他的位置，知道了他是间谍，尹时赫不得不直接杀了他。崔敏将贤宇和时赫一起关在审问室，想看他们的反应。崔敏得到时赫搭档宋英民已死的消息把时赫带了出去。秀妍负责审问贤宇，贤宇对于秀妍对自己的不信任感到气愤，不配合审问。中元也开始他的计划……
韩剧反恐任务第16集剧情介绍妍华告诉柳健Mr. Black是以前被白山暗杀的五位核物理学家中还健在的一位。柳健向崔敏寻求进入国家记录院的帮助，他们的通话被局长的监视人员偷听到了，而他们仍不知情。柳建进入国家记录院查看当年白山暗杀的五位核物理学家的资料。局长的监视人员带人赶往国家记录院，柳健要离开时发现有人进来，与他们交手后逃出。柳健去拜祭已故的母亲，遇到白山，白山说自己很后悔一直不知道你的存在，白山劝说柳健不要再参与对抗IRIS的事了，柳健告诉白山Mr. Black就是白山当时没杀死的刘正哲博士，白山不敢相信，柳健坚持自己会亲自抓到中刘中元和Mr.Black。崔敏建议应废弃核武器，坚持韩半岛无核化，总统却赞同国家应该确保核武器，反而召回了姜哲焕局长叫他组织国政院和NSS联合核武器管理队伍。
姜哲焕局长被强迫带走去见刘中元，刘中元想拉拢局长与自己合作。尹时赫被崔敏问话，时赫说一直都是副局长给他下达秘密任务，如果自己的间谍，副局长的责任更大。崔敏决定用测谎仪测试分析贤宇和时赫的身份。秀妍去教堂见郑修女，想了解脱北者的一些情况，郑修女跑去通知刘中元，刘中元派朴泰熙到教堂，就在秀妍刚刚与崔敏通完话，朴泰熙来到她身后，将秀妍弄晕带走。调查时赫的枪支并未使用，和杀死宋英民的枪也不一致。姜哲焕下令在追捕白山和郑柳健的过程中可以使用枪械，并暗示威胁崔敏不要在身后帮助柳健。
尹时赫和徐贤宇被带走准备接受国情院的调查。刘中元用秀妍作为抓郑柳健和白山的诱饵，中元打电话给崔敏要以白山和柳健交换池秀妍。崔敏将实情告诉柳健，并说自己无法再帮助，要靠他自己想办法去救秀妍。白山也接到秀妍被刘中元绑架的消息，决定亲自前往。姜哲焕拒绝投奔中元，并向他说出NSS已经确保了核武器，并要与中元作对。柳健和妍华找到教堂，与中元通上电话，柳健要自己前往，妍华却一定要跟着他……
韩剧反恐任务第17集剧情介绍白山只身闯进中元的根据地，与中元他们展开枪战，但是却不敌众人，最后被抓住。但秀妍已被白山的助手所救并放在医院门口，被咖啡店员看到救回。柳健知悉秀妍已被救出，知道肯定是白山闯进了中元的根据地。中元用酷刑威逼白山开口。妍华利用自己与中元的交情，主动帮助柳健救白山，妍华进入根据地，柳健趁机救出白山。中元发现白山不见，跑出去追，但还是让白山柳健跑掉了。尹时赫与徐贤宇在被带往调查的途中，时赫故意造乱，车辆翻倒，押送的武警乱枪射杀，时赫想逃跑时被贤宇开枪打中，时赫翻入桥下失踪。崔敏告诉柳健他的身体现在很危险，柳健知道自己的情况还坚持要抓住刘中元。中元决定转移阵地，妍华通报柳健让他做好准备。
NSS全队展开追捕尹时赫，而崔敏也联系美国支部长，想将核武器转出去，继续维护韩半岛的和平。中元联系Mr.Black需要他的武器和人员帮助，以助自己夺到核武器。柳健准备好了枪支弹药来到了中元的新阵地，妍华与柳健联系时被发现，匆忙逃跑。柳健只身闯进敌营，与中元遇上，相互展开了枪杀，就在危机时，白山及时赶到将柳健救出。白山突然感觉柳健做事和说话越来越像自己了，为了不让自己后悔，保护儿子，决定将以前有关自己所做的事的一段录音给柳健，内容包括IRIS的很多事情。白山决定要与Mr. Black 见面，做个了结。妍华逃回到柳健的住所，柳健回来突然倒在地上，中枪的伤口血流不止……
韩剧反恐任务第18集剧情介绍柳健醒来，妍华已经给他包扎好了伤口，说他已经昏睡了20小时了，问他是不是杀了中元，柳健说他还活着。Mr.Black作为韩国政府想要合作的科学家身份回到韩国，总统和他探讨核武器的威力。Mr.Black确认了韩国政府拥有了核武器。刘中元要转移根据地，Mr.Black说会给他安排场所，并说自己已经到达韩国马上会跟他见面。妍华借着酒劲希望柳健不要杀中元，知道他是为了报母亲的仇，但是自己和中元的母亲都被杀了，怎么去报仇呢，如果中元死了，自己就成寡妇了。
崔敏和柳健见面，希望他确保白山手里的那一枚核武器，柳健说白山准备钓Mr.Black的时候用那一枚，自己相信他的话。刘中元带队入住Mr.Black为他们准备的住所，腿受伤的时赫负责接见他们。柳健见炳镇，让他帮自己分析白山给的硬盘，但是炳镇在回去的路上被局长派的要员抓捕。刘中元给北朝鲜领导打电话，说自己会再首尔引爆核武器，然后北朝鲜派兵闯进南边。Mr.Black和刘中元见面，Mr.Black说如何中元引爆核武器成功，自己会把他推到很高的位置。
崔敏带领美军准备转移四个核武器，姜哲焕局长下令让秀妍带队追回崔敏，崔敏最后无可奈何只好返还核武器，局长让崔敏自己离职回美国去。崔敏给柳健打电话让她和秀妍联系下，柳健给秀妍打电话报平安，让她帮自己分析炳镇拿着的硬盘，秀妍想起来炳镇被捕是黄室长拿着那个硬盘，回到NSS调换了硬盘。秀妍带贤宇出去吃饭，向贤宇道歉，希望他能够理解这个职务有时候必须做一些不想做的事情，两人重归于好开心的吃着饭，贤宇突然接到尹时赫的电话，秀妍让A组追踪尹时赫的位置，发现在贤宇家，秀妍给柳健打电话要求支援，同一时间秀妍和贤宇，柳健和妍华都赶到贤宇家，但是尹时赫却不在……
韩剧反恐任务第19集剧情介绍尹时赫开车停在贤宇家门口，见到四人来到，开车离开。秀妍和柳健终于见面了，柳健说直到抓到刘中元才会回去。柳健开车回去的路上突然发病，头疼欲裂，妍华要送他去医院，他坚持要先回家。刘中元强杀了姜哲焕局长，姜哲焕早预料到穿了防弹衣，但是刘中元却以为他已经死了。Mr.Black知道刘中元杀姜哲焕局长，埋怨刘中元做无用的事。刘中元接到手下给他的母亲的遗书，看了泪流满面。柳健睡了一宿醒来，妍华不知道他是什么病很着急，柳健接到白山的问候电话。
NSS开始转移核武器，半路被刘中元和手下把核武器劫走。白山和Mr.Black终于见面了，白山确定了柳健说的刘正哲就是Mr.Black，白山让刘正哲用刘中元换核武器，刘正哲同意。尹时赫跟踪白山，白山决定离开手下，自己行动。秀妍把白山给柳健的硬盘读解后交给柳健，柳健接到白山手下的电话，要求见面，白山手下告诉柳健白山准备用核武器引诱Mr.Black。柳健告诉秀妍Mr.Black就是NSS合作的核学博士，姜哲焕局长听说之后很懊悔，决定赦免柳健的追击，全力追捕核武器。尹时赫跟踪白山，白山带尹时赫去看核武器的隐藏地，并称自己手中的无线引爆开关是引爆核武器的，尹时赫按照Mr.Black的命令带着白山来到Mr.Black住所。
刘中元见到白山来见Mr.Black，觉得预告不好，要采取应对策略。柳健、妍华和白山的手下一起潜入Mr.Black的住所，妍华找到刘中元让他放手不要送死了。柳健和白山的手下找到放置核武器的地方，朴泰熙发现白山的手下杀了他，尹时赫也发现有入侵者，尹时赫与柳健碰面，尹时赫说早先与柳健打一仗了，两人交手，时赫不敌柳健，被柳健打败。柳健碰见白山和刘正哲走出来，刘正哲用枪指着白山，白山告诉柳健想要就此结束一切，刘中元和妍华也走过来，刘正哲要白山交出核武器的引爆开关，带走刘中元，白山敞开衣服展出身上的炸弹，告诉刘正哲手上的开关其实是炸弹的开关，白山对柳健说着谢谢，引爆了炸弹的开关，柳健一直大声叫着爸爸，白山和刘正哲两人纷纷炸成碎尸……
韩剧反恐任务第20集剧情(大结局)刘中元想要趁机杀了柳健，被妍华阻止，刘中元让手下准备带着核武器撤离，刘中元告诉妍华不要再出现在他面前。刘中元发现核武器上的追踪仪拆除了，NSS准备追踪刘中元找到核武器，但是却被刘中元用了调虎离山之计逃离了。NSS分析了Mr.Black住所采集到的物品，确定白山和Mr.Black已经死亡。刘中元开始计划在首尔中心引爆核武器，NSS也追查着他的下落，终于找到了刘中元的位置，柳健回到NSS和秀妍一起带队前往。
秀妍潜入碰到朴泰熙，两人正面交锋，秀妍终于战胜朴泰熙，枪杀了朴泰熙。柳健潜入，告诉刘中元他以为自己是国民英雄是自作多情了，NSS全员潜入，妍华出现劝说刘中元到此为止，这时时赫也潜入，枪杀了刘中元，NSS也不再僵持，开枪射击了时赫和中元的手下。妍华抱着中元叫着哥哥，中元给妍华带上妈妈给他留下的玉戒指，说着你真美啊，就断气了。因为中元的断气，和他身体连接的核武器定时炸弹开始倒计时，柳健决定跟飞行员一起去海里抛弃核武器，秀妍不让他去，他却执意要去，但是在飞机起飞的瞬间，柳健让飞行员下去，自己开着飞机离开了。
秀妍和贤宇追着飞机跑，秀妍喊着哭泣，柳健想起了从小和秀妍在一起的一切，柳健在对讲机里对秀妍说因为我爱的人是你所以我觉得很幸福，秀妍让他赶快回来，柳健最后跟秀妍说我真的很爱你，就中断了对话。柳健开着飞机驶向了大海尽头，核武器也随着倒计时的时间爆炸了……妍华终于和姐姐相见，却遭到敌人袭击，两人合力打退了敌人，并肩笑着跑着离开。秀妍经常去看柳健家三口人跟他们聊天。核武器依然存在着……
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