夜幕下的海天市一切都显得很平静，可是此时正有一桩罪恶而疯狂的事正在酝酿着。
张生强——海天市刑警队队长接到报案说，有人正在陶家镇水泥厂进行毒品交易就带着两名队员前去调查，与此同时张生强的妻子(径侦队副队长)李蔷，却突然接到一个陌生人打来的电话，告诉他张生强有危险，她赶紧通知张生强要小心可是为时以晚，两个置高点上，两个枪手同时向张生强开枪，张生强倒在学泊中。
段逸飞海天市刑警队成员，张生强的得力干将，在公安大学读完博士，回到海天市，刚下飞机就得到张生强遇害的消息，赶紧赶到现场，此时公安局李局长正在现场等着他，并向他简单介绍了情况，李蔷此时也赶来看到满身是血的张生强，当场昏倒不醒人生。
公安局连夜召开紧急会议成立专案组，并人命段逸飞接替刑警队队长职务，限期破案。
经过对现场的调查取证得到一条重要的线索，在案前一天，有两个人开着一辆黑色奥迪车在现场逗留了很久，可是这两个人的长相和车牌号码却不清楚。
段逸飞来到即熟悉又陌生的队长办室，看着张生强留下的遗物不仅黯然神伤，他打开了旧上的笔记本电脑，一个熟悉的名字，引起了他的注意 ——钱金山，可是这个人以死了四年并早以结案的人为什么张生强又把他翻出来呢?段逸飞陷入长长的思考中，究竟是谁敢胆大包天暗杀刑警队队长，死了的钱金山又和此事有什么关系，临危受命的段逸飞怎样去解开这重重迷案……
暗流分集介绍 第二集段逸飞在张生强的电脑里发现了钱金山的案子，可是这个在四年前就以经了结的案子，张生强为什么又把它翻出来，另段逸飞隐约感到了这里边有问题，而且在张生强的笔记本中多次提到“茂才”两个字，这两个字代表什么呢?他带着疑问来到了公安局的户籍科进行调料。
胡田贵来见市委秘书长林源，途中遇到了杜维东面对这个自己以前的手下如今却成了市里的名人，胡田贵不愿过多理采，杜维东对胡田贵却还是很尊重，林源问起对袭警案了解多少胡田贵表示自己也不清楚，而且由于局势紧张，想暂停一些业务这一点和林源的想法，不谋而和。
马局组织刑警队对袭警案的调查进行汇总，会上段逸飞拿出了张生强的笔记本并提到对“茂才”的怀疑马局最后提出两点一是现场的黑色奥迪车，二是全力搞清“茂才”是怎么回事，李蔷在门外听到了这一切。
林嘉琪来到经侦队提出对昌达资源再生公司的怀疑希望经侦队能介入进行调查，李蔷同意了，林嘉琪走出公安局时与段逸飞擦肩而过。
李蔷来到工商局拿走了关于全市叫“茂才”的公司的资料又来到车辆管理所调查黑色奥迪车的事，可得到的答复却是她想问的那个车牌号是不存在的。
康一平来到嘉琪家，想从林源嘴里了解点段逸飞的情况，林源敷衍说自己也不熟。
段逸悄得知张生强牺牲前曾到过昌达物资公司就前来调查，可郑媛媛却说没见过这个人，并说当天公司正在进货另段逸一无所获。
公安局所有的人都对段逸飞抓着四年前钱金山案子不放不能理解，可会上段逸飞却以自己对张生强的了解和诸多疑点提出反问，并把两案进行连系，会后马局告诉他自己同意段逸飞判断并支持他继续做下去，另段逸飞很欣慰。
暗流分集介绍 第三集林嘉琪约见了段逸飞，两个人多年前因为诸多原因没有走到一起而且几年没见面的恋人坐在一起都彼此压抑着自己的情感，段逸飞问林嘉琪当然告诉他只要自己懂得了责任，懂得了成熟，他们就有美好的未来，可为什么自己什么都懂了，他们的未来却不在了?一句话令林嘉琪倒在倒在怀里痛哭失声，这一切都被躲在暗地的康一平看在眼里。
李蔷在张生强的衣服中发现了一张汇着重要线索的纸条想去调查，可闹闹没有人看好求杜维东帮忙，杜维东让自己的女儿安娜去了，李蔷来到纸条上的地址寻打线过却被一名黑衣人打昏，正赶这时段逸飞来到李蔷家看她，见只有安娜和闹闹在很纳闷，这时来了个电话告诉李蔷出事了，段逸飞感到事情严重赶紧赶去现场，等了到时李蔷已经醒了，段逸飞因为李蔷有线索不汇报私自行动和李蔷发生了争执。
杜维东来到孙杰的资源再生公司表示了对他们公司很感性趣并提出想见钱金山的想法，可孙杰矢口否认自己认识钱金山可他的狡别另杜维东更加坚信，钱金山还活着。
李蔷找到段逸飞坚决要参加专案组，段逸飞没办法只好同意。
胡田贵看着报纸上对杜维东的报道，感到这此杜维东从日本回来是来者不善，并对胡小光说起对丁一虎的不信任。
段逸飞和李蔷来到钱金山的家来找他的家人了解钱金山生前的事，经过调查感到钱铁头母子对钱金山的事并不了解。
杜维东坚定了自己的判断后，准备实施引蛇出洞把钱金山引出来。
段逸飞和李蔷来到税务局进行调查，张生强为什么牺牲前要给税务局打几次电话，可税务局的科长却死不承认。
郑刚和林嘉琪又来到资源再生公司对半年内动用的八千元资金干什么去了，可孙杰还是那些话矢口否认狡别。
面对日益临近的破案期限，段逸飞一愁末展，准备从张生强生前查的案子开始入手。
暗流分集介绍 第四集张槐生兴冲冲的拿着和郑媛媛的结婚照片回来，并商量这以后的美好生活，这时孙杰慌慌张张的来找他，告诉他钱金山的事败露了，二人一早就来找已化名为老道的钱金山并告诉了他事情的始未，经老道分析，这一切都是杜维东假借，张生强的案子，想把他引出来，但是是出于什么目的还不清楚，当得知林嘉琪对资金问题穷追不舍时吩咐孙杰对林嘉琪稍稍进行下警告。
林嘉琪和康一平吃完饭正在海力公园散步突然从后边驶来一辆摩托车，将林嘉琪打昏，康一平赶紧给林嘉琪送进医院并对林嘉琪，父母慌称，林嘉琪要出差出天。
经过对税务局的事员的再次审查，确定了茂才物资公司存在的部分问题，这时华子突然告知林嘉琪被袭一事，段逸飞匆匆赶到医院看望，看到有康一平细心的照料，林嘉琪没什么大碍，段逸飞只得离开，医院的走廊里，段逸飞告诉康一平，他和林嘉琪的事已经结不了，现在只是因工作才重新接触的，他的话另康一平了却了一块心病。
下班的路上，段逸飞和马避长提出张生强的案子可能与经济犯法案有关，所以想着重调查茂才公司马局同意。
林源夫妇得知女儿被袭赶到医院看望，得知林嘉琪正在调查一起经济案而和公安局有接触，林源很不高兴。
胡田贵来找老道指责他不应该杀掉张生强，并告诉他注意段逸飞，可是老道更感性趣的是杜维东，胡田贵告诉他，杜维东的目的还不清楚，最好还是先不要碰他。
段逸飞在医院门口碰到了林源夫妇，林源以一位长者的身份告诉段逸飞还是不要和林嘉琪来往了。
安娜把段逸飞请到自己家吃饭，李蔷和闹闹也在，杜维东向段逸飞了解张生强案子的进展，饭后安娜送段逸飞，安娜的妈妈问起了段逸飞的为人，他很担心安娜和段逸飞的过近。
刑警队和经侦队同时行动时，昌达物资公司的张槐生，和茂才资源再生公司的孙杰进行调查，老道的左膀右臂同时被公安调查，他该采取什么行动……
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