当全世界都注目着西安双十二事变暴发的时候，同时还发生了件令史学家百思不解的旷世奇案——国宝《清明上河图》在西安丢失，故宫文物南迁转移，车队刚刚进入陕西境内的潼关，正当押车的军人如释重负地叫喊着长安、长安永远平安时，突然，遭遇了以孟健刚为首的日本特工的伏击。
军警猛 烈还击打死抢夺文物鬼子便衣，孟健刚逃跑。孟健刚逃到西安远东情报局电告战况，远东情报局派女特工孟秋水来西安协助孟健刚抢夺《清明上河图》。孟秋水与川岛芳子齐名，妖艳无比，擅长丹青。她自告奋勇地赶赴西安抢夺故宫文物，其中还有个更重要的原因，她想一睹《清明上河图》的风采。她认为凭借自己的智慧和才能，拿到《清明上河图》易如反常。
当她与孟健刚见面时，对方就被其美貌所震惊，流露出强烈的爱慕之意孟秋水提醒他帝国这介没有爱情的。此刻，西安警察局长周雄也在勾结驻军特务连长孙继海，欲抢夺故宫文物。周雄绘声绘色地讲明，一旦得手，即使给孙继海一个军长他也可不屑一顾。因运送故宫文物事关重大，重庆方面派高级侦探董庆赶赴西安，协同西安警察局负责将故宫文物安全护送到重庆。
因秦岭路断，运送故宫文物车队必须在西安停留。董庆一到西安就与周雄商谈如何保证故宫文物的安全，可是，他却不知是在与虎谋皮。黑帮老大兰非得知董庆来到西安的目的，即派手下给董庆送去一粒子弹和一块金砖，董庆坦然接受。兰非也盯着运送故宫文物的车队。正当兰非得意之时，董庆来到。
关中秘事剧照
他凭借一身功夫和凛然正气将兰非教训一顿，让其收回伸向故宫文物的黑手。随之将金砖扔进井里，顺手一枪打碎了兰非的大耳环。董庆虽然挫败了兰非抢夺故宫文物的念头，却不知日本特工和周雄的阴谋诡计。周雄为抢夺故宫文物，一方面将关清书和红红请来为押送文物的军警演唱皮影戏;一方面命孙继海即可行动。
月黑风高之夜，抢夺文物的两方势力狭路相逢，一场激战，孙继海打伤孟秋水。孟秋水逃跑。孙继海抢到故宫的十二件文物，然而，在其仓皇逃跑时，却将国宝《清明上河图》掉在了壕沟。
关中秘事第2集剧情介绍经董庆查证，丢失的十二件文物中《清明上河图》最为珍贵。农民魏居仓下沟大便时捡到《清明上河图》，放牛娃果果见到其捡画。魏居仓目不识丁，只是觉得好看而已。由于天冷，魏居仓意欲用《清明上河图》拢火取暖，不想火刚打着，却被风吹灭了。
故宫文物丢失，震惊朝野，军统不信任西安警察局，即派权占义带年轻的助手吕蕊，化名权苑，以父女相称，在西安开了家收购字画的店铺，想用高价买 回故宫文物。孟秋水被孙继海打伤，觉得极失脸面。孟健刚潜伏西安的任务是：一旦日本占领西安便挖掘秦始皇陵和武则天墓。孟秋水发誓追不到故宫文物不回日本。
董庆很快将侦察的目标锁定孙继海，并将其怀疑告诉周雄，周雄本欲误导董庆，但董庆举出大量证据。周雄震惊，想不到董庆竟然如此聪明。事到如今，周雄欲杀孙继海灭口，但他不知孙继海将文物藏在何处，又不便和孙继海见面，于是，他要求董庆天天向其汇报侦察的进展情况。关大年一心想将关清书培养成大师级的画家。但年轻的关清书却讨厌画画，更不想成为大师。
他风流倜傥，结义三教九流，出入妓院赌场，更是秦腔的票友，他和红红收集剧情介绍了许多民间的皮影，放在一个很大的道具箱子里，箱子是关清书特意从东门鬼市买的，他时常和红红唱玩。红红很喜欢他，叫他替自己赎身，做梦都想和他白头偕老，遗憾的是关清书没有银子。老鸨见钱眼开，不能白白的放着摇钱树不用，执意要红红破瓜。西安黑帮老大兰非喜欢红红，欲出高价将其梳弄。不料，却遭关清书阻拦，兰非半个眼都看不上关清书，关清书却提出决斗。
连枪都不会打的关清书和兰非经过一番惊心动魄的较量后，两人反为知己，结拜为异姓兄弟。最终商定由红红决定跟谁。让兰非始料不及的是：红红竟义无反顾的选择了关清书。兰非佩服红红，想不到一个妓女竟然不为金钱所动，愿意倒在一个穷书生怀中。
孙继海敏锐地发现自己被董庆追踪，为了保险，他将抢到的十一件故宫文物藏到老鸨处，并言明十一件文物价值连城。老鸨为了安全起见，趁红红赶往兰非和关清书决斗处之时，将十一件文物转藏到艺妓红红的皮影箱子里。
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