华南求崔方放过李时珍，因为他什么也不知道。崔方答应。华南坦然赴死。
李时珍回来找不到师傅，却发现了以自己名义垒起的华南的墓碑，大恸，之后又发现华南留给他的一本太医院医簿，心中顿生疑惑。
蒋太后去世，嘉靖感觉到死亡临近，下诏选一皇家血脉的少女为自己祈福，并让道长负责炼制长生不老丹药。苌葶知道自己和李时珍尘缘已尽，于是决意出家前往。李时珍找到苌葶劝她放弃这一念头，被苌葶拒绝。
皇宫内建起炼丹房，道长带来两个徒弟，苌葶发现其中一个徒弟就是李行义，感到诧异。李行义求苌葶为他的身份保密，并要求苌葶不要让他的家人知道他还活着。
李时珍第18集剧情介绍李时珍的好友黄一丰和玉兰结为了夫妻。李时珍心中念念不忘苌葶，当他偶尔从父母的谈话中得知他和斯语早有婚约时，便开始有意疏远斯语。
李行义受命修建炼丹房，乘机修建了从炼丹房直通嘉靖修道打坐秘室的通道，伺机复仇。嘉靖下诏召二百童女进宫献血作为药引，使第一批丹药很快炼成。就在李行义着手复仇计划的同时，被抽血的宫女们铤而走险也决定谋杀嘉靖。可是谋杀失败，参于谋杀行动的宫女全部被凌迟处死。李行义的复仇计划被搅，一个叫杨雪英的宫女在李行义的帮助下躲过劫难并与之相爱。
李时珍第19集剧情介绍李时珍的痛苦和茫然使斯语感觉到自己成了李时珍感情上最为沉重的负担，于是决定远嫁他乡。就在斯语含泪嫁人时，李时珍幡然醒悟，追回了斯语，两人终于结为夫妻。
嘉靖康复后决定搬去西苑万寿宫，朝中大小事务由严嵩代为料理。离开皇宫前他特意召见了杨雪英，并且将她留在身边加以宠幸。李行义在冰冷的宫中刚刚萌生起来的爱情，又被嘉靖占有，新仇旧恨使李行义怒火中烧。
太子在册封大典时因服用丹药而亡。李行义按舅舅老焦的苦肉计供出道长和老焦，道长和老焦被处死，李行义赢得嘉靖信任，被提升为道长。杨雪英为嘉靖怀上龙种，被皇上册封为敬妃。不料遭情同姐妹的张惠妃暗害，杨雪英流产，从此被嘉靖冷落。
李时珍第20集剧情介绍又是十几年过去了，已经三十多岁的李时珍告别父母妻儿，来到楚王府担任奉祠正一职，因为治好了楚王儿子的怪病，得到楚王的赏识。
李时珍为了完成修本草大业，请求楚王推荐自己进太医院。楚王答应了，推荐李时珍进京报考太医院，并告诉他考太医院要过严世蕃这一关。
李时珍来到京城，在高拱府上找到了父亲的旧友太医院院使徐长明，并与徐长明一道为高拱诊断出多年的顽疾，深得高拱赏识。李时珍在高拱的引见下拜会了裕王，裕王乐意推荐李时珍进太医院。李时珍的推荐信经杨洪勤之手送到严世蕃手上，严世蕃气急败坏，暗示杨洪勤在考场上好好“对待”李时珍。
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