大清盛世，皇上南巡。扬州的徽商们在盐商总商汪仲连的带领下大张旗鼓地准备接驾。突然，他们接到消息：济南总领接驾事宜的商人邹嗣煌未合皇上的意，遭到追究而自杀了。凶讯传来，扬州商人不知接驾之事该办得节俭还是豪华，诚惶诚恐。
汪仲连请扬州知府钱木斋给当年的同榜、南巡行营中随驾的房崇古写信，托房崇古代为引见总管太监洪公公。洪公公借机敛财，二十万两银子只换得他一句回话：按豪华办。商人们为保全自身，只得挖空心思想办法讨皇上开心。在商人们的老家徽州竺溪村，汪仲连的小儿子汪宗昊和茶商程省吾的儿子程元亮、以及汪寡妇的儿子汪无竞是极要好的小伙伴。
他们商量着要去扬州去见见这举世仰慕的大场面。在一番凑盘缠和谋划之后，汪宗昊、程元亮两个少年上了路。汪宗昊程元亮偶遇仗义救人而被巡丁捉住的私盐贩子李福全，初涉人世的两人偷放了他。
大清徽商第2集剧情介绍盐运使大人与盐政孙大人之间打起了“降息战”。最后，汪仲连从孙启贤处借了钱补上了窟窿，盐运使和布因此心中起恨，他翻出孙启贤与几位总商提留盐引款的事。汪宗昊终于说服父亲回家，谁知汪仲连一回到家，就为他定下了婚事。
正在汪宗昊婚、礼当天，汪仲连却被数名衙役抓走，汪宗昊到新安会馆求救，方仲景急忙派人到牢狱去打点，一方面找人摸底。
曹百万赶来，表示愿为解救汪氏父子出力。汪仲连被抓到扬州府衙，知府钱木斋不容分辩就把他押进大牢，而巴文藻也早已被抓。他的举动让汪宗昊感到意外。
大清徽商剧照
大清徽商第3集剧情介绍徽商们打探到此案的底细，方仲景把汪宗昊收留在新安会馆，并把送牢饭的任务交给了他。同时，方仲景亲自出马，利用给钱木斋内子谢氏看病之机，见到钱木斋，问清了汪仲连的提留案，说清提留款并没有私分而是用在新安会馆置义冢、办义学、做义金上，并请钱木斋慎重行事，不要激怒商界罢市。
孙启贤向钱木斋出诡计，让他严刑拷打杀人灭口，这样他们借孙启贤的债就得用房产、店铺、田庄抵押，他就可以发一笔横财了。而同时，盐运使和布也向钱木斋施加压力，不准整死盐商，从而借机搬倒孙启贤，这使官道上无甚背景的钱木斋左右为难。
知府夫人谢氏给钱木斋出了个主意。谢氏还告诉汪仲连等人只有不说出盐引提留的事他们才有可能保住性命。徽商程省吾按照方仲景的部署，赶往京城找军机章京曹晟大人帮忙，程省吾找到曹晟，把方仲景的信递上，曹晟见信便立即写奏折禀奏皇上，参劾扬州几个盐官假借盐引提留制造冤狱。
程省吾在出京时被以前结下私仇的韩某毒打一顿，程省吾为赶回家送信，带伤上路。和布见钱木斋对盐引提留一案一拖再拖，十分恼怒，派麻知事到京城找军机大臣桂盛，而端亲王因皇上问起扬州盐引提留案心里起疑，二人秘密商定。
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